网站开发涉及的软件税率和税种主要包括以下几种：

增值税

小规模纳税人税率为3%。

一般纳税人税率为6%。开发开

城建税

城建税的税率税率税种税率根据纳税人所在地的不同而有所差异，市区为7%，网站县城、软件镇和大中型工矿企业不在市区、开发开镇的税率税率税种为5%，不在市区、网站县城、软件镇的开发开为1%。

教育费附加

教育费附加的税率税率税种税率为3%，计算基于增值税、网站营业税和消费税的软件纳税额。

地方教育费附加

地方教育费附加的开发开税率为2%，计算同样基于增值税、税率税率税种营业税和消费税的纳税额。

企业所得税

企业所得税的税率为25%，计算基于企业的利润总额。

个人所得税

个人所得税的税率为17%。

印花税

印花税的服务合同印花税税率为万分之三，即服务合同金额的万分之三。

其他附加税费

可能还包括水利建设基金等，具体税率和征收方式可能因地区和政策不同而有所差异。

综合以上信息，如果网站制作公司是一般纳税人，开具发票的综合税率大约是4.7%（6%的增值税税率加上城建税、教育费附加和地方教育费附加）。对于小规模纳税人，综合税率则为3%。

建议在实际操作中咨询当地税务部门或专业税务人员，以获取最准确和最新的税收政策信息。