网站开发项目的软件税率如下：

增值税

小规模纳税人税率为3%。

一般纳税人税率为6%。开发开

城建税

增值税、税率税率营业税、多少消费税纳税额*适用税率。网站适用税率如下：

市区：7%。软件

县城、开发开镇、税率税率大中型工矿企业不在市区、多少镇的网站：5%。

不在市区、软件县城、开发开镇的税率税率：1%。

教育费附加

增值税、多少营业税、网站消费税纳税额*3%。

地方教育费附加

增值税、营业税、消费税纳税额*2%。

水利建设基金

按照销售收入的0.1%来计提和交纳。

企业所得税

利润总额的25%。

综合以上信息，如果网站制作公司是一般纳税人，开具发票的综合税率大约是4.7%。

建议在报价时，将增值税、城建税、教育费附加和地方教育费附加等因素综合考虑，以确保准确计算总税率。