自建网站系统存在以下弊端：

功能简单且缺乏个性化

自建网站系统通常提供的做网站和做系自建是固定模板，布局和功能模块较为简单，区别无法满足企业的网站个性化需求。用户无法自由地设计和调整网站的系统外观和功能，这限制了网站的弊端独特性和吸引力。

安全性和稳定性问题

由于自助建站系统将多个网站托管在同一台服务器上，做网站和做系自建这增加了安全隐患。区别一旦其中一个网站被攻击，网站其他所有网站都可能面临风险。系统此外，弊端自助建站系统的做网站和做系自建程序往往较为臃肿且不规范，不利于搜索引擎优化（SEO），区别从而影响网站在搜索结果中的网站排名。

扩展性和升级困难

自建网站系统在后期维护和功能扩展方面存在困难。系统用户通常需要具备一定的弊端技术知识才能进行网站的管理和维护，而且系统升级和修改通常需要联系服务商，这增加了成本和时间。

隐私泄露风险

在自助建站平台上，企业需要提交详细的信息，如营业执照和身份证等。这些信息一旦上传，可能存在隐私泄露的风险，尤其是当这些信息被上传到陌生的建站平台时。

缺乏后续服务

自助建站平台通常只提供基本的续费提醒服务，缺乏专业的售后服务和技术支持。企业在遇到问题时，可能需要自己解决或依赖于平台提供的有限支持，这影响了网站的稳定运行和企业的运营效率。

成本问题

虽然自助建站系统的初始成本较低，但长期来看，由于需要不断的技术支持和系统升级，总体成本可能较高。此外，自助建站系统通常无法提供像独立网站那样的灵活性和可扩展性，这也可能增加企业的运营成本。

服务器性能问题

自助建站系统通常使用共享服务器，多个网站共享同一台服务器的资源。这可能导致服务器性能下降，网站打开速度慢，甚至出现服务器死机或网站无法访问的情况。

综上所述，自建网站系统虽然在一定程度上可以降低初始成本，但在功能、安全、扩展性、隐私保护、服务支持和成本等方面存在明显的弊端。企业在选择建站方式时，应综合考虑这些因素，选择最适合自身需求的解决方案。