使用SimpleITK批量计算医学图像分割的mask体积，病灶体积

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已于 2023-09-10 21:00:02 修改 · 1.5k 阅读

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#python #开发语言

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于 2023-09-06 17:39:51 首次发布

本文介绍了如何使用SimpleITK库在Python中计算病灶的ROI体积，并扩展功能将其结果写入Excel表格，便于后续数据分析。

使用SimpleITK计算如下所示的病灶标注的整体体积。

可以在该代码的基础上，增加写入excel表的操作，这样就可以把模型推理前的体积和模型推理后的体积都写入excel表，然后进行一系列分析。

在这里插入图片描述

1 计算ROI病灶体积

用SimpleITK包进行ROI/病灶体积的计算

import SimpleITK as sitk
import numpy as np

def calculate_volume(mask_image_path):
    # 读取分割结果的图像文件
    mask_image = sitk.ReadImage(mask_image_path)

    # 获取图像的大小、原点和间距
    size = mask_image.GetSize()
    origin = mask_image.GetOrigin()
    spacing = mask_image.GetSpacing()

    # 将 SimpleITK 图像转换为 NumPy 数组
    mask_array = sitk.GetArrayFromImage(mask_image)

    # 计算非零像素的数量
    non_zero_voxels = (mask_array > 0).sum