可视化 t-SNE 降维效果的两个角度——R 语言实现

可视化 t-SNE 降维效果的两个角度——R 语言实现

t-SNE（t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding）是一种常用的降维算法，用于将高维数据映射到二维或三维空间，以便进行可视化。在本文中，我们将使用 R 语言来实现 t-SNE 降维，并从两个角度来可视化降维的效果。我们将通过源代码的形式来展示实现过程。

首先，我们需要准备数据。假设我们有一个包含 n 个样本的数据集，每个样本有 m 个特征。我们可以将数据存储在一个 n 行 m 列的矩阵中，其中每一行代表一个样本，每一列代表一个特征。在这个示例中，我们使用一个名为 data 的数据集作为输入。

# 导入所需的库
library(tsne)

# 准备数据
data <- matrix(rnorm(1000), ncol = 10)

接下来，我们使用 tsne 函数对数据进行降维。我们可以设置 perplexity 参数来控制 t-SNE 算法的复杂度，该参数通常设置在 5 到 50 之间。较高的 perplexity 值会考虑更多的邻近点，但也会增加计算时间。

# 运行 t-SNE 算法
tsne_result <- tsne(data, perplexity = 30)

现在，我们可以从两个角度来可视化 t-SNE 降维的效果。

第一个角度是通过散点图来观察数据的聚类情况。我们可以使用