运用spm中的coregister改变图像大小(图像重采样)

医学图像配准 医学图像配准技术，就是寻求一种或者一系列空间变换，使得待配准图像经过空间变换以后与参考图像上的对应点在相应位置上达到一致。 分类： 空间维数划分：二维医学图像配准、三维医学图像配准 来源设备划分：单模图像配准、多模图像配准 单模图像配准指的是在不同时间间隔内，来自于同一图像采集设备的医学图像之间的配准；多模图像配准是指来自不同设备组织图像的配准。 图像配准技术主要包括：变换模型、特征空间、相似性度量、搜索空间和搜索策略 图像配准方法关键步骤： 特征值提取，特征包括直线的交点、角点

提前说明一下，SPM中所有的操作都可以通过代码批量跑，逻辑都是一样的，下面举个最简单的例子，说一下整体的操作。 举例：假设需要做预处理中smooth的操作，共20个被试。 第一步生成脚本 我们一般操作都是通过SPM batch 窗口通过点点点进行需要的处理。 图一：X表示需要手动添加的内容，针对哪些image做后续的smooth。 图二：选择300个files。 图三：生成脚本，FIle<- save batch and script 图一 图二 图三 第二步 看一下生成的脚本结构 生成脚本后会

本文深入探讨了SPM12 Coregister模块在脑模板无损重采样中的隐藏潜力，特别强调了Nearest Neighbour插值在保持标签完整性方面的独特优势。通过实战演练和数学原理解析，指导研究者如何高效完成分辨率转换，避免常见的标签污染和边界模糊问题，提升神经影像分析的准确性。

通过matlab命令行，输入‘spm’，在spm gui上逐步添加以下参数以创建模板，先逐个将bacth editor面板添加以下模块，再单独设置参数。这批数据的TR，TA 扫描顺序 TA = TR-(1-TR/nslices)，时间层顺序设置，如果有每一层的扫描时间，就将每一层的时间都写进去。生成matlab代码之后，再根据自己的需要编写循环代码，代码最开始是这样的，需要将被试的id加进去。以上做完之后，重点来了，点击File -> Save Batch and Script。

下载MATLAB，以及对应的 SPM 版本。   SPM12 使用一种标准 3D（有些情况下是 4D）图像格式，称为 NIfTI-1.1。每个 NIfTI 格式的图 像是一个扩展名为“.nii”的文件。 “.nii”文件包括：  - 一个包含图像中所有数据的位图；  - 一个将位图套入 3D 坐标体系的变换矩阵（称为仿射变换：如旋转，平移，缩放和/或 裁剪）。   一个时间序列（如 ...

使用spm预处理fMRI数据

其实在网上也看到过一些文章，介绍如何让java程序以window服务的方式启动。今天有空，就想用c写一个window服务，在服务启动时来启动一个java程序。因为在c方面，我十足菜鸟，先到网上搜索了一下关于如何用c写出windows服务，找到一篇介绍的相当详细，参照介绍写了一个window服务。测试的过程中遇到一个问题，由于我的java程序启动时会在系统托盘显示一个小图标，但通过c写的window...

1、web项目，即tomcat/resin添加至window系统服务，步骤如下： 第一步：找到tomcat的bin目录，如：D:\apache-tomcat-8.0.26\bin 第二步：打开cmd,cd到该目录，执行：service.bat install 即可将tomcat添加至服务中；               同理，打开cmd,cd到该目录，执行：service.bat remov

平时要随机启动用JAVA程序写的代码，只有放在启动中，但用户都能轻易看到，所以这次把代码加到WINDOWS系统服务中。1、Java Service Wrapper官网：http://wrapper.tanukisoftware.com/doc/english/download.jsp2、下载后将文件解压，文件名我取成wrapper。然后自己再新建一个文件夹，命名为Monitor，在Monitor新...

将bat文件添加到服务

1、Java Service Wrapper官网：http://wrapper.tanukisoftware.com/doc/english/download.jsp。将下载下来的文件命名为wrapper。 2、新建一个文件夹命名为test,在此文件夹内建立五个文件夹，分别命名bin,logs,application,lib,conf,然后将jre复制到test文件夹内,并将jre文件夹改名为j

在CAT12做VBM的时候，发现我自己想定义的脑区分割图谱mask与用于分割的组织概率图TPM模版分辨率不一致，TPM的分辨率为1.5mm，而我使用的mask是1mm。因此尝试使用SPM12的Coregister模块对mask的分辨率进行转换，使之改成与TPM一致的1.5mm分辨率源文件：SPM12自带的TPM文件（如/spm12/tpm/TPM.nii）目标文件：我使用的mask文件（比如BN_Atlas_246_1mm.nii）

问题如下图：

从左到右，第一个为输入图像路径，第二个为输出图像路径，第三个为重采样尺寸，这里为8，表示重采样到8mm的体素尺寸，第五个为插值方法。同样用体素尺寸为3mm的AAL_61x73x61_YCG.nii脑图谱作为的参考图像，把体素尺寸为2mm的MNI标准模板：MNI152_T1_2mm_brain.nii，转换成体素尺寸为3mm的标准模板：MNI152_T1_3mm_brain.nii，默认采用三线性插值。在数字图像重采样时用的比较多的插值方法有最近邻插值，线性插值和双三次插值等，如图所示，

在计算数据之前，需要去掉小脑区域，因此需要制作一个自定义的mask文件，使用wfu-pickatlas包方便挑选ROI。

1 解释       Java project  我说的是main方法作为程序入口的java工程，有别于 web project。      这样的工程 一般都是web project的附属扫描程序或一些独立的执行程序，如数据同步程序等。      把这样的project 要部署到生产机上去运行，这样就涉及到两个问题：          1 打包问题，我们一般不会把整个

1、jar添加到服务中心 ①github上面下载winsw：https://github.com/kohsuke/winsw/releases 下载上述框中的两个文件。 ②进入到jar包所在目录 ③将上面下载好的两个文件移动到jar包所在目录中 jar包名随意，WinSW.NET4.exe和sample-minimal.xml进行重命名，建议设置成一样的，如Cache.exe和Cache.xml ④编辑xml文件 <service> <!-- ID of t.