ggplot-geom_point 散点图添加聚类标签

最新推荐文章于 2026-06-19 13:47:19 发布

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倪桦

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#聚类 #r语言

分类数据科学与机器学习开发

本篇分享在ggplot的散点聚类图中，为每个类群添加标签Label的方法，方法通过kmeans方法计算每个簇的中心，给每个簇的中心点添加Class_label实现每个簇的标签标记。

点图绘图数据

> data.plot
         tissue   x   y  imagerow imagecol Class
BIN_001       1   12 22        1      001 class_A
BIN_002       1   22 21        1      002 class_A
BIN_003       1   11 32        1      003 class_B
BIN_004       1   30 14        1      004 class_C
BIN_005       1   32 45        1      005 class_A
...

1、kmeans计算每个簇的中心点坐标

计算一个簇的中心，首先根据簇类别对数据集分组，然后用kmeans计算每个簇的一个中心坐标。

library(dplyr);library(purrr);library(ggplot2)
data.plot %>% 
    group_by(Class) %>% 
    do(model = kmeans(.[c('x', 'y')], 1)) %>% ### kmeans 计算一个中心点
    ungroup() %>% group_by(Class) %>% 
    do(map_df(.$model, broom::tidy)) %>% ### 整理模型数据
    ungroup() %>% select(Class,x,y ) %>% data.frame() %>% 
    dplyr::rename(x.center=x,y.center=y,Class=Class) ->label.data

> label.data
     Class  x.center  y.center
1   class_A 13.67994  21.90958
2   class_B 28.67363  38.40217
3   class_C 16.99799  13.78242

2、画散点图，通过geom_label显示标签信息

data.plot %>% ggplot(aes(x ,y)) + 
    geom_point(aes(colour = Class),size = 0.5) + 
    scale_colour_brewer(palette = "Dark2") +
    theme_bw() +
    ggtitle("Class.cluster.plot") + theme(plot.title = element_text(face = 2,size = 50,hjust = 0.5)) + 
    geom_label(data = label.data, aes(label = Class,x = x.center,y = y.center))