产品升级！CAZymes数据库更新，基因数量更丰富

碳水化合物亦称糖类化合物，是自然界存在最多、分布最广的一类重要有机化合物，是一切生物体维持生命活动所需能量的主要来源。作用于各种糖复合物、寡糖和多糖等，碳水化合物的酶类构成了地球上结构最多样的蛋白质集合。

碳水化合物活性酶数据库（CAZymes，http://www.cazy.org/）是关于能够合成或分解复杂碳水化合物和糖复合物的酶类的一个数据库资源，其基于蛋白质结构域中的氨基酸序列相似性，将碳水化合物活性酶类归入不同蛋白质家族。该数据库提供了碳水化合物合成、代谢、转运等酶的分类和相关信息。

凌恩生物宏基因组项目再次升级，CAZyme数据库更新至最新版本V13，是已知最完整的碳水化合物活性酶数据库。本次更新纳入了更多碳水化合物酶基因，收录了4498139个基因，比V8版本提升了1.5倍多个基因！

图 更新前后数据库的基因数量对比

CAZy数据库概述 

 CAZy数据库目前包括如下六大类家族 

CAZy数据库中目前已注释的基因组

碳水化合物研究作为当前研究的热点，一直以来备受关注，随着CAZy数据库的不断完善更新，相关研究的文章也越来越多，下面为大家介绍两篇关于CAZy分析研究的文献：

案例 

案例1：木质纤维素分解微生物组在奶牛瘤胃及其受饮食影响的关键降解阶段中协调降解级联反应

 题目：Lignocellulolytic microbiomes orchestrating degradation cascades in the rumen of dairy cattle and their diet-influenced key degradation phases

 发表期刊：Animal Advances

 发表时间：2024

 研究意义：揭示了不同微生物的降解策略，发现新型潜在降解微生物，明确高谷物日粮主要影响半纤维素降解进而降低木质纤维素消化率。该研究为理解瘤胃微生物降解机制、优化奶牛日粮配方和调控瘤胃微生物群提供依据，对提高奶牛饲料利用率和养殖效益意义重大。

 结果：

1. 微生物基因组

共发1353个高质量MAGs参与木质纤维素降解，包含23个门，其中 Bacteroidota、Firmicutes_A 等门占比较大，基因数量与基因组大小呈强正相关。

图 木质纤维素降解微生物组的组成与酶基因分布

2. 关键功能/途径的溯源分析

在纤维素降解方面，Fibrobacter和Ruminococcus菌通过多种酶协同作用攻击纤维素纤维，且部分酶含CBM结构域；在半纤维素降解方面，Prevotella 和Cryptobacteroides通过PULs来处理半纤维素的主链和侧链。

图 参与木质纤维素降解的主要酶家族及来源弦图

本研究阐明了奶牛瘤胃中降解木质纤维素的主要微生物类群，揭示了在木质纤维素各组分级联降解过程中的微生物及相关酶，明确了高精料日粮主要通过影响半纤维素降解导致瘤胃内木质纤维素的降解率降低的机制，相关研究结果对研发提高奶牛瘤胃内粗饲料降解率的营养策略提供了理论依据。

案例2：白蚁肠道微生物的纤维素与木质素协同分解机制

 题目：Unveiling lignocellulolytic potential: a genomic exploration of bacterial lineages within the termite gut

 发表期刊：Microbiome

 发表时间：2024

 研究背景：

白蚁是能够有效降解木质纤维素的群体性昆虫。低等白蚁（LT）的肠道中存在大量依赖于鞭毛虫的共生体系，这些鞭毛虫能够吞噬木质颗粒并在消化泡中降解纤维素。而高等白蚁（HT）失去了鞭毛虫，但依赖于纤维相关的细菌进行纤维素分解。此前的研究表明，某些菌群（如纤维杆菌门）在高等白蚁肠道中扮演重要角色，但具体细菌谱系如何协作完成纤维素分解一直未被充分探讨。本研究旨在通过基因组分析填补这一空白，并揭示白蚁肠道中细菌与宿主的协同作用。

 研究意义：

本研究通过分析2223个宏基因组组装基因组（MAGs），揭示了白蚁肠道中不同细菌谱系在纤维素和半纤维素分解中的角色分工。研究发现，高等白蚁中氧依赖的细菌如假单胞菌目和放线菌目在木质素分解中起到关键作用，这一发现挑战了以往对白蚁肠道分解过程的认识。此外，研究还首次系统性地展示了低等白蚁和高等白蚁中纤维分解细菌的功能差异。

 主要结果：

1. 低等白蚁纤维素分解依赖鞭毛虫和特定细菌

在低等白蚁（Lower Termites, LT）中，纤维素分解主要依靠鞭毛虫及其共生的细菌群体，尤其是拟杆菌门（Bacteroidota）和螺旋体门（Spirochaetota）中的某些谱系。这些细菌集中于分解纤维素的特定成分，如纤维二糖。研究发现，这些细菌中的CAZymes（碳水化合物活性酶）尤其集中在处理半纤维素和木质素相关聚合物的多种途径中，反映出细菌在鞭毛虫支持下分解纤维素的作用。这一结果揭示了鞭毛虫与细菌协同作用的复杂性。

图 白蚁肠道宏基因组中得出的主要细菌科MAGs中具有木质纤维素水解活性的糖活性酶（纤维素酶、半纤维素酶、辅酶）和纤维素结合模块（CBM）的热图

2. 高等白蚁细菌完全接管纤维素分解功能

在高等白蚁（Higher Termites, HT）中，纤维素分解完全由肠道细菌主导，特别是纤维杆菌门（Fibrobacterota）和螺旋体门中的细菌。与低等白蚁不同，这些细菌能够分解完整的纤维素链，表现出更强的分解纤维素能力，尤其是纤维素酶（GH5、GH9）。这些细菌的纤维素降解能力弥补了高等白蚁中鞭毛虫的缺失，使得高等白蚁依然能够有效地降解木质纤维素。

图 具有纤维素分解功能的GH家族的CAZymes酶在具有高纤维分解潜力的细菌家族的MAGs中的丰度和比例

3. 氧气依赖的细菌参与木质素分解

高等白蚁中假单胞菌目（Pseudomonadales）和放线菌目（Actinomycetales）的细菌谱系在分解木质素时起到了关键作用。这些细菌能够利用氧气依赖的酶（如AA1、AA2家族的酶）氧化木质素，使得纤维素的进一步降解成为可能。这表明，在高等白蚁肠道中，氧气在纤维素和木质素降解过程中起着至关重要的作用，这种氧气的存在为木质素的高效分解提供了前提条件。

图 不同菌中具有木质素修饰酶基因密度的分布

参考文献：

1. Lignocellulolytic microbiomes orchestrating degradation cascades in the rumen of dairy cattle and their diet-influenced key degradation phases.Animal Advances,2024.

2. Unveiling lignocellulolytic potential: a genomic exploration of bacterial lineages within the termite gut.Microbiome,2024.