盘点【2024年中科院2区中药方剂机制研究文章】思路及工作量

中药因其多组分、多靶点的特性，一直是科研领域的热点和难点。其物质基础和作用机制常让人摸不着头脑，网络药理学虽能揭示其多途径、多靶点的治疗机制，但纯分析类文章往往面临认可度有限、验证风险大、缺乏延续性等问题。在这种背景下，如何在中药方剂的机制研究中脱颖而出，发表高影响因子文章？本文将为您一一剖析。

通过对2024年中科院2区多篇相关文章的梳理，我们将全方位剖析中药方剂机制研究的思路与工作量，希望能为您的科研之路提供一些启发。

文献一

虚拟筛选与蛋白质组学的整合揭示了人参皂苷Rg1 抗心肌缺血的潜在靶点和途径

2024年2月，福建医科大学和福建农林大学团队在《Journal of Ginseng Research》（IF=6.8）发表了标题为“Integration of virtual screening and proteomics reveals potential targets and pathways for ginsenoside Rg1 against myocardial ischemia”的文章。该研究发现人参皂苷Rg1通过靶向MAPK1 和ADK，抑制氧化磷酸化（OXPHOS）通路，可有效缓解心肌细胞氧化应激损伤。

研究思路

研究团队首先利用网络药理学构建了人参皂苷（Rg1)的药物成分-靶点-疾病网络；并通过功能注释富集分析，预测了Rg1抗心肌缺血（MI）的相关通路。随后，他们采用分子对接评估了Rg1与靶点蛋白的结合情况，筛选出了两种人参皂苷Rg1结合活性更强的靶蛋白：丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）和腺苷激酶（ADK）。接着，通过TMT定量蛋白质组学技术，筛选出Rg1干预H2O2诱导的心肌细胞损伤模型中的差异表达蛋白（DEPs）。最后，通过动物/细胞实验验证，利用Western blot、蛋白重组和光谱分析等技术，进一步证实了腺苷激酶（ADK）为Rg1结合和调节氧化磷酸化途径的靶点（如图1）。

图1 研究流程

工作量盘点

1.网络药理学：通过虚拟筛选，得到121种Rg1抗心血管疾病的潜在靶点，并构建了“Rg1-靶点-疾病”网络，以及蛋白质互作网络。根据网络度值分析，筛选关键靶点。

2.富集分析：GO，KEGG和DO富集分析表明，氧化应激损伤模型适用于研究Rg1治疗心血管疾病的作用机制。

3.分子对接：使用Sybyl 1.3和AutoDock Vina对Rg1与121个潜在靶点的结合能进行评估，筛选出19种高分蛋白（总分>5.0，结合能≤-7 kcal/mol），包括PAH，MAPK1，DAPK1，MMP8，PYGL，ADK等，这些蛋白可能是Rg1的潜在结合靶点。

4.定量蛋白质组学分析：对Rg1干预H2O2损伤心肌细胞进行定量蛋白质组学分析，结果表明Rg1对缺血心肌细胞模型的保护机制可能主要涉及细胞质、细胞核和线粒体的功能。KEGG途径富集分析表明Rg1主要通过氧化磷酸化（OXPHOS）、帕金森病和阿尔茨海默病、柠檬酸循环（TCA）等信号通路发挥抗心肌缺血作用。

5.动物/细胞实验验证：检测了Rg1干预对MAPK关键蛋白及氧化磷酸化途径的影响，结果发现RG1降低了MAPK和氧化磷酸化途径的磷酸化和活化；为了证实ADK和Rg1之间确实发生了反应，进行了ADK蛋白重组和纯化，并