4、序列比对的量化方法

序列比对的量化方法

1. 序列比对矩阵

在序列分析中，有多种矩阵用于衡量两个残基符号之间的匹配程度，这些矩阵在序列比对中起着关键作用。

1.1 PAM与BLOSUM矩阵的等价关系

PAM（Point Accepted Mutation）和BLOSUM（Blocks Substitution Matrix）矩阵之间存在等价关系，具体如下：
| PAM矩阵 | 等价的BLOSUM矩阵 |
| ---- | ---- |
| PAM100 | BLOSUM90 |
| PAM120 | BLOSUM80 |
| PAM160 | BLOSUM60 |
| PAM200 | BLOSUM52 |
| PAM250 | BLOSUM45 |

1.2 BLOSUM45矩阵

BLOSUM45矩阵是从在45%同一性水平上聚类的序列块推导而来的，其具体内容如下表所示：
| | G | P | D | E | N | H | Q | K | R | S | T | A | M | V | I | L | F | Y | W | C |
| ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- |
| G | 7 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
| P | -2 |