14、蛋白质结构预测全解析

蛋白质结构预测全解析

1. 蛋白质结构预测概述

从氨基酸序列解读蛋白质的天然构象，即“蛋白质折叠问题”，是分子和计算生物学中长期存在的挑战之一。目前已经提出了多种方法来预测蛋白质的结构类别、二级结构含量、二级结构位置以及模拟三级结构。尽管在过去几十年取得了一定进展，但预测的准确性仍然有限。

蛋白质二级结构的预测是确定其三级结构的中间目标。对不同结构类别中几种二级结构预测方法的性能分析表明，所有方法对全α蛋白质二级结构的预测比对其他类别的蛋白质更准确。因此，成功预测蛋白质的结构类别以及为每个类别开发的方案可能有助于提高球状蛋白质二级结构预测方案的准确性。

2. 蛋白质结构类别预测

“氨基酸组成”的概念在预测球状蛋白质的结构类别中起着重要作用。它被定义为蛋白质分子中每个氨基酸残基出现的统计偏好。对于特定结构类别中氨基酸“i”的氨基酸组成（Compi），可以使用公式 Compi = ni/N 计算，其中 n 是类型为 i 的氨基酸残基的数量（i 从 1 到 20 变化），N 是残基的总数。

以下是四种不同结构类别的氨基酸组成表：
| 氨基酸 | 全α | 全β | α + β | α/β |
| — | — | — | — | — |
| Ala | 11.72 | 6.28 | 8.31 | 9.65 |
| Asp | 5.70 | 5.10 | 6.27 | 6.32 |
| Cys | 0.71 | 1.99 | 2.11 | 1.03 |
| Glu | 6.90 | 5.29 | 5.56 | 6.18 |
| Phe | 4.23 | 4.40 | 3.78