sam格式总结

SAM文件一共有12列，第1-11列是固定的内容，第12列是可变的内容。(虽然BAM格式是SAM格式的二进制版本，但SAM的坐标起始位置是1，而BAM格式的坐标起始位置是0)。

BAM格式的一行（用samtools view打开看到的）：

对应的SAM格式中这一行

Note: 虽然BAM格式储存的是0起始的坐标，我们用samtools打开看到的是1起始的。

Note：正常来说，read1和read2应该比对到参考基因组的不同链上。

1，第一列：测序得到的reads的名字（fastq文件第一行的部分），PE测序的read 1和read 2会以同样的名字出现。

2，第二列为整数，解释如下：

1 ： 代表这个序列采用的是PE双端测序

2： 代表这个序列和参考序列完全匹配，没有错配和插入缺失

4： 代表这个序列没有mapping到参考序列上

8： 代表