基于树莓派的生物节律监测系统

基于树莓派的昼夜节律与超昼夜节律运动活动监测与分析

摘要

一种基于树莓派的新设备已被开发、测试并投入使用，用于监测北极海洋无脊椎动物的运动活动以及分析生物时间学数据。该设备使用红外传感器来监测和记录动物的运动活动，并对其进行后续分析。软件包由两个独立的脚本组成：第一个脚本用于管理实验的数据采集和进程，第二个脚本用于生成活动图并对数据进行多种分析以检测其周期性（例如，傅里叶功率谱、卡方周期图和隆布‐斯卡格尔周期图）。数据采集硬件和软件已在一次北极任务中利用北极海洋无脊椎动物进行了前期测试。

引言

动物的自发性运动活动是生态学研究和时间生物学中的一个有用参数，特别是用于昼夜节律分析。动物在各种生理和行为功能上表现出日节律。这些节律与环境周期（如光暗周期（LD））同步，而环境周期与地球自转相关。节律性可能由中枢神经系统中的昼夜节律钟控制，具体位置根据物种不同而有所差异，例如视叶或中央脑团。

行为节律的分析推动了针对多种不同应用的专用硬件和软件的发展，目标生物涵盖从果蝇到人类，数据采集方法包括红外传感器、加速度计以及无线电和视频跟踪[3–8]。与这些系统相关，已开发出一系列可在Windows或MacOS操作系统上运行的商业分析软件包[9–11]。

在本文中，我们介绍了一种基于低成本硬件并与树莓派计算机（树莓派基金会，剑桥，英国）相连的新系统，用于时间生物学研究中行为数据的数据采集与分析。该配置提供了一个低成本、平台无关且开源的昼夜节律分析平台，类似于其他领域所使用的系统[12–17]。数据采集硬件通过专为野外条件设计的电子接口连接到树莓派计算机。数据采集与分析软件由罗马智慧大学天体物理实验室开发，采用自由编程语言Python编写。设计目标是将通常用于周期性信号分析的算法与信号滤波的特定函数相结合，并允许用户指定信号检测中的统计严格性。这种方法提高了软件分析能力的灵活性。

该系统已在斯瓦尔巴群岛的野外条件下，利用海洋无脊椎动物刚毛 Gammarus Setosus 作为模型进行了测试。现场测试的图像也已展示。

监测与数据分析

我们的系统设计用于采集17个通道的数据，其中15个为红外活动传感器，另外两个为环境光和温度传感器。如图1所示，监控系统由水族箱、安装在水族箱上的电子设备以及信号调理电路、光照和温度传感器，以及通过扁平电缆与树莓派连接的连接盒组成。

软件由两部分组成：第一部分负责数据采集和存储，第二部分管理数据分析。

水族箱

该设备专为小型（0.5–3 cm）淡水和海水无脊椎动物设计。该设备不具有过滤或增氧功能，因此需要用户定期更换水。该系统基于康宁 225 cm² 的透明塑料培养瓶构建，这种材料允许自然或人工照明进入水族环境。将两块方形透明有机玻璃板（厚 6 mm）裁剪成与培养瓶大面相同的尺寸，并使用塑料胶水（例如乐泰、超级强力胶）粘合固定。这些玻璃板用于在水族箱外部安装红外发射器和传感器（图2）。

电子设备

所使用的光电组件（OPTEK公司，美国德克萨斯州卡罗尔顿）包括：(a) 直径3毫米砷化镓铝塑料红外发射二极管OP298B，具有窄辐照模式， λ 890 nm， φ 25°，最大输出功率为4.8 mW/cm²[18]；(b) 直径3毫米NPN型塑料硅光电晶体管OP598B，具有宽接收角，λ 860 nm，以及φ 25°[19]（图2）。

这些发射器和传感器装置提供窄光束，这对于小型无脊椎动物活动的灵敏检测是必要的。此外，这些装置具有最佳电子耦合，并已在低温下表现出高可靠性[18,19]。每个传感器的输出信号由运算放大器MC3303[20]进行放大。该设备提供的增益带宽积和工作温度范围非常适合此应用。然后使用正或门（74LS21[21]）来汇总所有信号。树莓派GPIO数字输入/输出引脚的输入信号由LM 555[22]在单稳态模式下提供，产生一个15毫秒脉冲，限制在+3.3 Vdc，以确保与GPIO（通用输入输出）输入动态兼容。图3显示了仅包含两个红外传感器的信号调理电路示意图。

图4显示了放置在防水盒中的调理电路。

连接盒

连接盒用于方便不同设备和传感器（例如红外设备、雷达设备以及光照/温度传感器）之间的连接。它由两排PCB（多氯联苯）螺丝端子和一个扁平电缆连接器组成，用于接收信号并将其传输到树莓派的GPIO（图5）。

软件包

我们设置中包含的软件包由两个独立的脚本组成，设计为相互交互，以便更轻松地管理数据采集和分析。采集程序的结构与[23]（Pasquali 等，2016）中提出的相同，但已修改为包含多个通道。

树莓派的计算资源有限，同时采集多个信号具有较高的计算成本。因此，我们决定不在软件包中包含任何实时数据可视化工具；然而，用户仍可通过定期检查随新数据不断更新的主数据文件来监控实验的执行情况。

为实现此目标，我们设计了第二个脚本作为按需分析器。用户能够调取指定数据采集时间段和选定通道的数据。该软件将立即执行请求的分析，而不会中断数据采集过程。此用户自定义调用会生成包含所需数据及感兴趣量值图表的文件，例如数据流、活动图、功率谱和Lomb‐Scargle 周期图分析，以捕捉数据中可能存在的周期。通过这种方式，初步分析将在主数据文件的一个分支上进行。当按需分析完成后，用户可远程传输输出文件。

主软件

运行在树莓派上的主软件通过Unix C时间库[24]进行定时。一个由其他子程序自生成或由外部硬件时钟提供的单一内部时钟，作为所有操作的起始信号。当时钟触发时，软件读取传感器并将逻辑通道的二进制状态记录到临时数组中。该值每10分钟更新一次，软件对每个通道的总计数进行累加，并将结果写入一个专用外部文件。该文件每小时更新一次，树莓派将数据备份到保存在内部SD内存中的另一个文件，并通过以太网发送给远程用户。时间序列数据最多可划分为四个部分，以便后续分析。

实时分析

用户可以激活或禁用“活动图”的自动生成。用户可指定时间段长度以及如何对数据集进行分箱以进行分析。该子程序读取最近四段数据（一天）并生成四个活动图，布局为表格配置（两行两列），其中第二个和第三个图表重复显示同一活动图。为了在硬件限制下确保最小的计算时间，软件在开始计算前会对数据集执行多项检查。

用户可以使用像Xming [25]这样的虚拟图形服务器在其屏幕上看到图表自动更新。

后验分析

总活动图生成器
生成实时活动图的同一子程序用于生成数据集的总活动图。例如，输出图像如图6所示（本出版物中使用的所有基础数据可在此处找到[26]）。

傅里叶变换模块
我们项目的数据分析所需步骤之一是对时间序列进行傅里叶分析。为此，我们开发了一个 Python 模块集成了在GNU通用公共许可证下自由分发的numpy和scipy软件包中的强大函数。一旦将该模块包含在主分析脚本中，所有函数即可使用。以下是这些函数的描述。

在主库接收时间流数据后，算法会提取数据采样率。这一步骤对于构建频率轴以及应用窗函数对数据流进行离散快速傅里叶变换（FFT）至关重要。结果得到相对功率谱密度（rPSD），若未特别指定，模块将使用频谱范围的默认值。

高级用户将能够为分析选择窗函数，将样本划分为长度为2的幂次的片段，通过片段的平均值评估傅里叶变换，并对复数傅里叶变换的响应和相位进行估计。该模块的输出包括一个文件、用于检查结果的图像，以及可用于进一步分析的numpy数组。

图7显示了该算法的快速傅里叶变换输出示例，其中横轴为以对数尺度表示的时间（单位：分钟），纵轴为峰值的相对幅度，总功率（即FFT曲线下的面积）已被归一化为100，用于计算相对功率谱密度（rPSD）[27]。

隆布扬格尔做图
为了更好地研究偏差分析，可以应用一种统计检验方法，例如隆布扬格尔方法[28,29]。为此，我们在软件包中提供了便捷访问scipy函数以计算隆布扬格尔做图的功能。该软件包采用汤恩斯[30]提出的一种略微改进的算法来计算做图，使得对于每个频率，只需对输入数组进行一次遍历即可完成计算。该函数接收时间序列数据数组和采样频率，并输出格式为numpy数组的做图结果。

健康监测系统子程序 (HMSS)
主软件包含不同的子程序，这些子程序与数据采集同步，但仅偶尔执行。树莓派通常在无用户控制的情况下运行，因此必须通过一个检查系统健康状态的子程序实现自我控制。HMSS分为两类：第一类用于外部系统控制，第二类用于树莓派状态分析。第一类HMSS是：

• 光电二极管控制 ：如果光电二极管的逻辑二进制状态在较长时间内未发生变化，则可能已损坏，屏幕上将显示警告信息。通过使用外部GSM（全球移动通信系统）模块，树莓派会向用户发送短信消息或电子邮件。
• 电池控制 ：树莓派可以通过外部电池供电，因此控制该电池的充电状态非常重要。
• 实验装置的物理状态 ：树莓派对房间内的光照强度、温度和湿度进行持续监控。

第二类HMSS为：

• 内存控制 ：树莓派配备有SD存储卡，用于写入数据。当可用内存低于百分之十时，树莓派会压缩SD卡上的数据。压缩完成后，树莓派进入低分辨率模式，降低所采集数据的位大小，并开始覆盖最旧数据。同时向用户发送警告信息。
• CPU温度 ：树莓派可在高负荷环境中运行，通常对CPU有高需求，因此需要监控其温度。如果温度达到临界值（约 90 °C），所有活动将停止。

与先前系统的比较

为了突出该系统所提供的优势，有必要对当前系统与标准系统进行比较。此类仪器的传统设置包括一个基于PC的测量链，通过定制软件驱动硬件部分。硬件由多个水族箱组成，动物被放置在其中，水族箱内设有用于检测动物运动的电子电路，以及插入个人计算机内的采集卡，用于接收来自水族箱的信号。软件部分管理两个不同的过程：数据采集和数据分析。数据以离线方式处理，这使得研究人员在配置硬件和软件方面具有更大的灵活性。图9展示了传统架构（左侧）和基于树莓派的架构（右侧）。

尽管传统系统具有已被全球许多研究团队广泛使用并经过认证的明显优势，但它也存在一些缺点：

(1) 市场上现有的硬件部分为预设配置，不允许自定义配置，例如，它们可能无法支持在同一测量平台上组合使用不同技术的传感器，或无法设计传感器放置的不同空间几何结构，从而降低了整体灵活性。
(2) 采集卡具有固定的特性，可能无法满足新配置的需求。硬件升级通常不可能实现。
(3) 基于PC的架构需要安装在实验室设施中，这要求将动物移出其自然环境，从而无法进行野外活动，甚至可能引入偏差。
(4) 市场上用于数据处理的软件需要Windows或MacOS等操作系统才能运行，这增加了系统的总体成本。
(5) 整体尺寸通常较大。
(6) 这些系统的总体成本可能非常高。

基于树莓派的定制系统可以克服这些缺点。事实上：
(1) 它允许设计特定配置（将不同技术的传感器与传感器放置的不同空间几何结构相结合），
(2) 它避免了购买专用采集卡的需求。
(3) 它支持使用电池为系统供电，从而实现野外采集任务。
(4) 通过使用Linux发行版，避免了专有操作系统 的使用。
(5) 它允许用户进行直接编程；因此，既可开发此类研究中已使用的标准算法，也可开发新的统计函数，以揭示这些动物的研究 中的新有趣参数。
(6) 与基于PC的 系统 相比，其整体尺寸 极大缩小。
(7) 成本非常低。

表1显示了基于树莓派的系统与PC系统的成本比较。

尽管在内部开发软件存在明显劣势，但树莓派系统的成本比商业系统低得多，仅为商业系统的约 1%。

一个定制系统最重要的缺点，尤其是在恶劣环境中使用时，可能是其可靠性。为了验证系统是否能在低温下正常工作，在实验室中使用气候室进行了一些初步测试。温度降低至 −20 °C（至少比测量季节的最低工作温度低10度）。为了验证电路板的正常运行，已在树莓派上加载并执行了一个压力测试脚本，该脚本设计用于使CPU占空比达到100%，并在整个测试期间持续运行。下图显示了三次测试的示例结果。

该图显示，随着腔室温度的降低，CPU和电路板的温度也持续下降，但设备活动始终得到保障。

第二次测试显示了树莓派的电流消耗随时间的变化（图12）。

经过短暂的过渡期后，电流消耗达到一个稳定值，可确保树莓派的正常运行。

图13显示了树莓派的电流消耗随CPU温度的变化函数。

该图清楚地显示，功耗随着电路板温度的升高而通过电流相应增加。这些测试旨在确认树莓派即使在极端工作条件下也能正常运行。为了保持一致性，我们在五个板卡上重复了该测试，在相同配置和相同压力测试脚本下进行测试，结果一致，始终确保了电路板的完全效率。

在现场测试该设备时，需要一个能够为系统提供合适电源的电池组。我们通过实验测得系统的功耗约为4瓦；作为对比，其他商业系统的功耗约为130瓦。我们使用一块12V，24Ah电池进行测试，发现能够使我们的系统运行超过一周。我们计划单块电池支持七天（168小时）的运行时间。测试在气候室中进行。作为对比，同一电源经过改装后用于基于PC的经典系统（通过交流/直流转换器供电），其自主运行时间仅为10小时。

在初步实验室阶段之后，该设备已在现场进行了测试，证实了树莓派的可靠性。

实验、结果与讨论

选择与生态学研究相关的海洋和淡水北极无脊椎动物进行实验[32]。我们分析了海洋无脊椎动物刚毛 Gammarus Setosus（端足目）的活动，该动物通常生活在潮间带，是污染生物标志物[33,34]。本研究采用典型的时间生物学设计[35,36]。

动物

刚毛 Gammarus Setosus ( n=20 ) 于2015年6月和7月（CNR和NP 2015夏季考察活动 帕斯夸利·V. 和 格兰伯格·M.）在斯瓦尔巴特群岛斯匹次卑尔根岛孔斯峡湾沿海地区（ 78 ° 55 ′ 40 ′′ N， 11 ° 54 ′ 22 ′′ E）的低潮期间用手网采集，并存放于10升塑料箱中。开展本研究的许可证由斯瓦尔巴总督签发（2015年野外工作，RIS‐ID 10211，格兰伯格·M.）。

实验程序

捕获后，动物被带至实验室，在 10 ± 1 °C的温度下随机选择并 individually 转移至1升塑料烧瓶中，并暴露于连续光照（LL）条件下。水族箱未配备用于循环和过滤的泵。由于可能对电子监控系统造成干扰，因此水中没有提供食物。每三天更换一次海水，以维持正常的氧气、盐度和pH水平。补充的海水取自金斯湾海洋实验室（尼奥勒松，斯瓦尔巴特群岛）。试验期间不提供食物，以防止活动节律与摄食时间同步，这一点在此前关于在类似实验室条件下饲养的海洋十足类和鱼类的研究中已有报道[37]。对动物连续监测了15天；图14显示了完整的实验装置。

结果与讨论

时间生物学参数通过隆布‐斯卡格尔周期图计算，以获得昼夜节律周期（20至28小时）和潮汐周期（10至14小时）的长度。采用快速傅里叶变换进行功率谱分析，观察昼夜节律和潮汐周期的峰值及其幅度（对应于振幅）。在持续光照条件下，仅有15只动物中的4只表现出昼夜节律，其周期长度为 23.2 ± 2.8 h（均值 ± SD）。潮汐周期也进行了计算和分析；仅在9只表现出潮汐节律的动物中观察到12.0 ± 1.1 h（均值 ± SD）的周期。频谱分析证实了短于24小时的昼夜节律周期以及潮汐节律的存在。昼夜节律的振幅为6.7% ± 4.0% rPSD（均值 ± SD），潮汐节律的振幅为6.9% ± 4.3% rPSD（均值 ±SD）。

从时间生物学的角度来看，结果表明该设备不仅可用于记录和表征这些及其他动物的昼夜节律范围内的活动，还可用于超昼夜节律的时间生物学参数（参见参考文献[38]，其中展示了研究这些节律的不同方法学途径）。该物种此前从未以这种方式进行过研究，可能成为研究生物节律的一个有趣模型，特别是在海洋北极动物中。

从电子学的角度来看，许多挑战已经被面对并克服，我们汇总了已实现的目标列表：
(1) 树莓派所提供的可靠性经过了多天的现场测试认证，并已证明树莓派可用于制造适用于极端环境的仪器，严酷的环境，例如北极和南极的环境。因此，这项技术为在类似困难条件下工作的研究人员提供了新的机遇，例如在外太空。
(2) 相对于基于PC的系统，降低尺寸和重量的挑战已经完成。这对于各种研究也极为重要，因为在这类研究中，重量和尺寸是保持运输成本较低的关键变量。
(3) 该设备工作电压为12伏直流电，因此可以像我们这样使用电池供电。这使得研究人员可以将设备直接放置在野外而无需市电，与基于PC的系统不同。这使研究人员能够将动物留在其自然环境中而不干扰它。
(4) 使用树莓派使研究人员能够为特定任务设计新的硬件。
(5) 能够直接对设备进行编程提高了仪器的整体灵活性。事实上，研究人员可以构思新的算法以获取新的信息。这一特性在仅提供预设功能的商业工具中并不总是具备。

结论

本文介绍了基于树莓派开发的一种用于监测小型海洋无脊椎动物运动活动的新设备。该设备的设计旨在模拟更昂贵且复杂的商业系统。通过使用红外传感器对动物活动进行连续监测，并利用特定软件进行数据分析，其方法类似于商业系统中的做法，但成本更低。除成本外，本系统的显著优势在于采用树莓派大大提高了整体灵活性，允许创建商业系统所不具备的特定硬件配置或特定分析程序。此外，用树莓派替代计算机可减小整体尺寸，相较于传统系统降低了运输成本，这对于野外研究尤为重要。该项目表明，成本的整体降低以及性能灵活性的提升，有助于增强人们对这类研究的兴趣。