15、番茄等位基因挖掘：液相序列捕获与测序技术的应用

番茄等位基因挖掘：液相序列捕获与测序技术的应用

1. 植物启动子调控元件收集与分析

在植物研究中，收集植物启动子中的顺式作用调控 DNA 元件是一项重要工作。许多相关资源已被建立，目前大部分这类元件已整合到最新的 PlantPAN 资源中。不过，计算机模拟预测必须谨慎解读，还需额外的实验证据来证实所鉴定等位基因内的序列变异。

2. NGS 数据的可视化表示

工作流程的最后一步是对下一代测序（NGS）数据进行可视化表示。这在解读所得结果时非常有用。整合基因组查看器（IGV）可辅助用户，它能沿着参考基因组展示比对的读取数据（BAM 文件）和预测的遗传变异（VCF 文件），并结合参考注释信息。将数据聚合在单一平台上，对有意义地解读测序数据有重要影响，且对促进知识发现至关重要。

3. 番茄等位基因挖掘的策略与意义

等位基因挖掘是剖析控制关键农艺性状的候选基因等位变异的有前景策略，可用于潜在的作物育种应用。成功且高效的等位基因挖掘活动取决于以下几个因素：
- 待研究物种的基因组和基因序列信息。
- 高效可靠的表型分析技术。
- 易于生成等位基因数据点的高通量方法。
- 经济高效的测序平台。
- 用于识别核苷酸变异和开发分子标记的高效生物信息学工具。

等位基因挖掘方法已成功应用于许多作物物种，包括番茄。番茄是世界上消费最广泛的蔬菜，其果实是对人体健康有益的生物活性化合物的重要来源。类胡萝卜素是成熟番茄果实中的主要抗氧化化合物，它们调节许多果实和花朵的色素沉着，并参与光接收和光保护机制。在植物中，类胡萝卜素生物合成途径位于质体中。在番茄中，该途径在果实成熟期间高度活跃，导致多种