Graphormer实战：5步搞定分子性质预测（附OGB数据集代码）

Graphormer实战：5步搞定分子性质预测（附OGB数据集代码）

在药物研发和材料科学领域，分子性质预测一直是个关键挑战。传统方法依赖昂贵的实验或量子化学计算，而图神经网络(GNN)的出现为这一领域带来了新思路。但直到Graphormer的问世，我们才真正看到了Transformer架构在图数据上的惊人潜力——微软研究院的这项成果在OGB-LSC挑战赛中实现了87.7%的准确率，将分子力场预测误差降低了76%。本文将手把手带您用Graphormer搭建端到端的分子性质预测流水线。

1. 环境准备与数据加载

首先需要配置适合深度学习的环境。推荐使用Python 3.8+和PyTorch 1.10+，同时安装必要的化学信息学工具包：

pip install torch torch-geometric ogb rdkit

OGB（Open Graph Benchmark）提供了高质量的分子数据集。我们以ogbg-molhiv为例，这个数据集包含41,127个分子，任务是预测其是否抑制HIV病毒：

from ogb.graphproppred import PygGraphPropPredDataset

dataset = PygGraphPropPredDataset(name='ogbg-molhiv', root='data/')
split_idx = dataset.get_idx_split() 
train_loader = DataLoader(dataset[split_idx["train"]], batch_size=32, shuffle=True)
valid_loader = DataLoader(dataset[split_idx["valid"]], batch_size=32)
test_loader = DataLoader(dataset[split_idx["test"]], batch_size=32)

每个分子图包含以下特征：

• 原子类型（节点特征）
• 化学键类型（边特征）
• 3D坐标（空间信息）

2. 分子图特征工程

Graphormer的强大之处在于其独特的结构化编码方式。我们需要为分子图构建三类关键特征：

2.1 中心性编码

衡量原子在分子中的重要性，使用度中心性作为基础指标：

import torch
from torch_geometric.utils import degree

def get_centrality_encoding(data):
    row, col = data.edge_index
    deg = degree(row, dtype=torch.long)
    deg = torch.where(deg < 5