R语言 | Seurat v4安装方法

最新推荐文章于 2026-05-30 14:13:30 发布
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1.在 Ubuntu 18.04 上安装Seurat v4，使用国内源

# 设置CRAN镜像为清华大学源并安装Seurat v4
options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

install.packages("remotes")

install.packages("https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/Archive/Matrix/Matrix_1.6-1.tar.gz", repos=NULL, type="source")

remotes::install_version("SeuratObject", "4.1.4")
remotes::install_version("Seurat", "4.4.0", upgrade = FALSE)
2023.11.1用conda安装R环境，并下载Seurat包过程记载
weixin_44699741的博客
11-01 4868
CC = home/txb/miniconda3/envs/r-4.2/lib/R/x86_64-conda-linux-gnu-cc前面加个位置。在/home/txb/miniconda3/envs/r-4.2/lib/R/etc/Makeconf文件中。报错2：x86_64-conda-linux-gnu-cc command not found。r- 开头，例如安装stingi包 conda install r-stringi。5.安装R包以 r- 开头，例如安装stingi包。
单细胞测序数据整合（Seurat V4.0） vignettes
weixin_47855187的博客
05-01 5406
Introduction to scRNA-seq integration • Seurathttps://satijalab.org/seurat/articles/integration_introduction.html Introduction to scRNA-seq integration Compiled: January 11, 2022 Source: vignettes/integration_introduction.Rmd 基于R seurat v4.0的内置整合数据方法的R
conda全流程安装seurat4/5及其依赖 | 包含各类报错解决
weixin_57699783的博客
03-26 394
本文介绍Seurat软件包的两种安装方法。推荐优先使用conda安装，若失败则转至R中安装。详细说明了R中安装Seurat 4.4.0及其依赖包SeuratObject 4.1.4的步骤，包括使用remotes包从特定源安装。针对网络问题和依赖缺失情况，提供了手动下载tar.gz包安装及依赖包修补方案。最后指出Seurat4与ggplot2最新版本兼容性问题
Seurat 降级：从V5降级到V4
woodman的专栏
03-15 1万+
Seurat更新增加了一些功能，由于前期都是V4的结果，当使用过程中，容易报错，于是想降级。方法一：降级软件版本，参考。方法二：格式转化，参考。
Seurat包标准流程
weixin_56845253的博客
02-28 3761
Seurat包标准流程
简单可行的SeruatV4和v5共存的安装方案
生信小博士的博客
12-04 1万+
该方法在Windows，Linux服务器，M芯片的Mac中中都测试过（其中Linux的Seurat需要编译）。稍微进阶一些，我们也不需要卸载V5，也可以做到使用V4，只需要在安装的时候，指定一个新的安装路径。目前Seurat的版本从V4升级到了V5，由于一些变化，导致当年取巧，使用。首先，我们需要先安装V5版本，让他帮我把一系列的依赖问题都给解决掉。配置好路径，使得library加载的时候，能够先加载到V4。然后，我们去安装V4的Seurat，这里要指定repos。获取数据的方法都无法在V5中使用。
R语言环境管理实战：在RStudio里同时安装Seurat V4和V5的保姆级教程
最新发布
weixin_30516243的博客
05-30 556
本文详细介绍了在RStudio中实现Seurat V4和V5多版本共存的实战方案，通过自定义库路径管理和环境隔离技术解决R包版本冲突问题。教程涵盖基础原理、安装配置、动态切换路径等核心步骤，并扩展至项目级环境管理和renv工具应用，适用于各类R包版本管理场景。
Seurat V5安装
hzau_t的博客
11-20 2462
软连接到/usr/local/bin 我理解这部分内容比较类似于将hdf5中的内容添加到系统环境变量中，因此R能识别到hdf5相关编译器，与这部分下列注释的代码可能有异曲同工之妙。这表明加载包的时候不能识别 hdf5 的动态库,实际包已经安装好了，只是不能加载 hdf5 动态库,需要手动配置 hdf5 动态库 libhdf5_hl.so.310。虽说能解决hdf5r的安装问题，但是BPCells仍然安装不上，因此用conda安装hdf5，然后安装BPCells成功。官网推荐安装以下四个包，作用详见注释。
安装seurat v5,与seurat v4共存
生信小博士的博客
12-28 4432
我要更高级点，学习y叔，安装v5时，同时不要删除我已经存在的v4。本文技术不难，更多的是一种思想方法，帮助大家去开拓自己的思路。虽然是红色的warning，但是顺利安装成功啦！安装suerat v5,同时不删除之前的v4。可以看到作者已经贴心的告诉我怎么安装啦。交流更多，加交流群，备注 姓名 学校。
安装4.0版本的Seurat包
weixin_47403257的博客
08-01 6863
Seurat4.4版本安装
seurat v5对象转换成v4 ；seurat v4和v5互相转换
生信小博士的博客
12-27 1万+
官网上都说啦：https://satijalab.org/seurat/articles/announcements.html。在计算 log-FC 时，在组级别而不是细胞级别实施伪计数，这可能会导致更高的 logFC 估计值，但也可能更不稳定。整合结果与 v4 工作流程略有不同，但用户仍可在 v5 中运行 v4 整合工作流程。引入了分层结构来存储数据，例如原始计数、标准化数据和 z 得分/方差稳定数据。函数进行伪批量分析，以降低噪音、提高低表达基因的定量并减少数据矩阵的大小。
Seurat4/Seurat5共存技巧学习
zfyyzhys的博客
08-24 1186
Seurat4/Seurat5共存技巧学习
单细胞测序分析软件包_seurat使用笔记
ACGTexplorer的博客
05-13 1万+
本笔记主要参考 https://www.jianshu.com/p/75c6d55a63bb?from=timeline 主要是为了理清思路，记录一下，方便以后查找 Seurat软件介绍 导入分析需要的包 library(Seurat) library(dplyr) library(magrittr) 读入矩阵 #matrix.mtx, genes.tsv, and barcodes.tsv #使用Read10X函数读取矩阵数据 pbmc.data <- Read10X(data.dir = "..
R 安装 Seurat的一些坑
weixin_46021869的博客
02-12 1万+
安装SeuratDisk需要Seurat，curl等依赖包 成功安装SeuratDisk的环境：r 4.0.3,python 3.7.11 之前 r3.6.1安装失败，因为Seurat相关依赖包irlba安装失败R (≥ 3.6.2) 最好先新建环境来安装 先安装hdf5，conda install -c anaconda hdf5 再安装Seurat相关依赖包‘irlba’, ‘SDMTools’, ‘plotly’, ‘Hmisc’, ‘metap’ conda install -c anacond
如何在Ubuntu上安装R包之单细胞Seurat
qq_61049648的博客
07-05 3812
在linux之Ubuntu上安装R语言的包-----单细胞Seurat
安装Seurat.utils包流程--给seurat增加细胞前缀样本名称
m0_58549466的博客
04-27 795
安装Seurat.utils包流程如下，依赖包比较多，而且相互嵌套，按照这个流程可以顺利安装。
R中安装“Seurat”报错
焦解糖的博客
07-04 2482
报错过程中忘记截图，就用了参考推文中的图片，报错内容是一一致的。安装成功后，将下载好的。
R语言分析单细胞数据Day1——下载Seurat包并进行预处理（一）
热门推荐
生信小白一枚，欢迎大佬一起讨论分析前沿技术！
01-20 1万+
Task.1 安装Seurat，准备处理single cell data 安装Seurat时，只能安装3.2.3以下的版本，太高就不兼容！ install.packages('remotes') %安装过可以省略 remotes:: install_version("Seurat", version = "3.2.3") % 安装不上可以更新R版本或者安装附属包 Task.2 加载Seurat包并导入数据 library(Seurat) % 这里可以设置你的路径，三个文件（mtx数据、行名和列名）都需要
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