Nel 2017, 2018, 2019, 2023 e 2024 la linea rientra tra le 10 linee peggiori d'Italia secondo il rapporto annuale "Pendolaria" di Legambiente[6][7].
Nel febbraio 2023 Trenitalia vince il bando per la gestione della linea[8]. Tuttavia, nel marzo 2023, a seguito di un ricorso di Arriva Italia, il TAR del Veneto sospende l’assegnazione a Trenitalia, causando uno slittamento del passaggio di gestione[9]. A marzo 2024 il Consiglio di Stato ha infine bocciato il ricorso di Arriva Italia.[10] Dal 1º settembre 2024, la gestione del servizio passeggeri della linea torna a Trenitalia, che impiega i convogli ALn 501/502 Minuetto, in sostituzione delle vecchie ALn 663 e 668.[11]
Il tracciato originale della linea tuttavia era ancora differente e in comune con l'originaria linea per Bologna: staccatosi dalla stazione di Porta Nuova, la linea correva a ovest e quasi parallela allo Stradone S. Lucia, insinuandosi poi tra le attuali vie Isarco, Novara e Serchio. Nel punto in cui il tracciato intersecava con un passaggio a livello l'attuale via Dora Baltea era posta la fermata di S. Lucia, il cui fabbricato viaggiatori è tuttora esistente. La linea quindi, dopo aver lasciato sulla sinistra il vecchio tracciato per Bologna, sotto-passava quello più recente sempre diretto alla città felsinea, per poi reinnestarsi nell'attuale linea per Mantova e Modena. Prima del 1914, con l'apertura all'esercizio della Nogara-Isola della Scala, la stazione del comune veronese era situata a nord-est dello scalo odierno.
Poco dopo Isola della Scala la linea si dirama dalla Verona-Bologna, in direzione di Bovolone, Legnago e Rovigo. Dopo aver raggiunto e superato l'abitato di Tarmassia, frazione d'Isola della Scala, servita fino al 1949 da una fermata, la linea entra nel territorio del comune di Bovolone. Alla progressiva chilometrica 32+249 è collocato il passaggio a livello con la SP24 “del Serraglio” presso la quale, fino al 2011[senzafonte], esisteva un casello ferroviario. Dopo questo passaggio a livello i binari procedono rettilinei, in direzione sud-est, e, dopo circa due chilometri, la linea è sottopassata dalla circonvallazione Nord di Bovolone: un'opera che ha permesso la soppressione di alcuni passaggi livello tra gli anni novanta e gli anni duemila.
Poco prima del passaggio a livello della SP20 "dell'Adige e del Tartaro", situato sulla progressiva chilometrica 36+077, i binari curvano leggermente verso sinistra e poi proseguono rettilinei per circa 700m giungendo, dopo aver scavalcato un sottopassaggio pedonale che conduce al Parco Valle del Menago e con un ponte il fiume Menago, alla stazione di Bovolone.
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