”混入プラスミドDNAの定量をPCRで行うことの意味”

こんにちは。

ここに時計があります。文字盤を間隔２でアトランダムに切ってください

そうすると、以下のフラグメントが得られました。

Case 1
今、2と4の間のフラグメントの数は幾つですか？ ←PCRです
答えは　1つです

フラグメントは全部で何本ありますか？
答えは　12本です

”混入プラスミドDNAの定量をPCRで行うことの意味”をすごく単純化して表現してみました。

今日はゆっくり休息できますか？
またお会いしましょう

場合を増やしてみます 

Case 2
今、2と3の間のフラグメントの数は幾つですか？ ←PCRです
答えは　2つです

フラグメントは全部で何本ありますか？
答えは　12本です

間隔1と間隔2の切断長が存在する場合

今、2と3の間のフラグメントの数は幾つですか？ ←PCRです

答えは　3つです

フラグメントは全部で何本ありますか？
答えは　24本です

間隔2と間隔3の切断長が存在する場合

今、2と3の間を含むフラグメントの数は幾つですか？ ←PCRです

答えは　4つです

フラグメントは全部で何本ありますか？
答えは　24本です

上記の場合訳けで、ある２点間を含むフラグメント数は2点間長と切断長に依存しました

条件等

とりあえず、PCR時にRNAが残存していないと仮定します。

実際には直鎖状のプラスミドの断片が大多数と、環状プラスミドの断片が少量と予想します。

実際の断片の長さは、長短のバリエーションが大きいと予想します。（DNase Iには切りやすい配列があります）

それぞれのバイアルへのdsDNAプラスミド断片の配分が等しいと仮定します。

追記：ワクチンバイアル内のDNAをDNase I 処理してqPCRする意味

ワクチンバイアル内のdsDNAは脂質の LNP に包まれているはずです。
このLNP-dsDNA は、注射した人の細胞の細胞質に入ります。もし細胞質にdsDNAが存在すると、その場で DNase によって分解処理されるのが普通です。
しかし、ワクチン内のdsDNAはLNP に包まれているので DNase I に対して耐性でした。細胞質内で異物のdsDNAですが、速やかに排除されないと予想されます。