R /Rstudio＠Mac｜ インストールから基本設定まで
同じような人のために。
ソフトを入れ直した時、Macを買い替えた時に、またまた１からのスタートにならないように覚書を残す。
機器環境
PC：MacBook Air / Apple M1
OS: macOS Sequoia (バージョン15.5)
ソフトウエアの導入目的
いずれは自分の仕事で使えるように。
Rはこれまで使用したことがないので、#すきとほるさんのブログ記事（公開）、#mJohnSnowの動画（有料、会員のみの公開）内で用意された模擬データと演習内容が実施できることを目的に環境整備を行った手順を残している。
参考にしたサイトやツール
すきとほるさんのブログ
【R Tips】→【初心者のためのRで医療ビックデータ解析】 シリーズ1〜４
2022年夏ごろの記事で、執筆時からソフトやパッケージのバージョンが上がったことに伴い変更されている内容もあるのでその点注意が必要。
ビッグデータとデータ分析さんのサイト
上記に書かれていないような、Macに特化した詳細な手順がスクショ画とともに書かれている。2024年10月末公開内容。
Appleサイト
よくわからんが、ソフトを動かすのにこいつ（Xcode）が必要らしい。
チャッピー（ChatGPT)に聞くと、「青バックに、白のカナヅチのアイコンで、販売者はApple。それ以外のものは全部偽物！」とがんとして譲らないのだが、現時点では「青バックに、黒のカナヅチ、販売者はiTune K.K.」で大丈夫。 ちなみに、嘘つき！と言っても、間違ってましたね、と間違いは認めたが、それ以外のことは何も言わなかったチャッピー。日本語の情報に弱いのだなと改めて思った次第。
ChatGPT
上ではdisったが、神ツール。サポートに慣れてるし、コードも書いてくれる。そんなコードやR使用に関する内容でも、時々堂々と嘘つくので自分でもググる必要がある点には注意。すきとほること廣瀬さんも、時々嘘をつくから、書かれたコードが正しいのかを自分で見極められる知識は必要と動画内で話されている。
（mJohnSnow会員限定動画）初心者のためのRでデータ解析講座
セッティングから始まり、疫学の模擬データを使って演習を行う流れの全4回動画。上級者向けのRのコーディングの動画シリーズもある。
実際に行った内容
コードを走らせていると、あれが足りん、これが足りんと言われるので、その度に立ち止まり、いろいろなものを実際はインストールし、時にソフトやPCの再起動をしているが、そのまま書くとややこしいので時系列にそってではなく、インストールが必要なものから順に記載している。
ステップ０. PCの名前を英語に設定。
元々ローマ字で設定しているので特に何もしなかったが、PCの名前を日本語にしてあると、R側（ニホンゴワカリマセン🇺🇸）で認識できず不具合が出るとのこと。
ステップ1， Rのインストール
2025年7月末時点で、こちらから。
Mac OSをクリック→、For Apple silicon (M1,2,..) Macs をクリック。
ステップ２. XQuartzのダウンロードとインストール
インストールしたRのバージョンの記載にあるXQuartsをクリックし、ダウンロードし、インストールする。
ステップ３. Rstudioのインストール
2025年7月末時点で、こちらから。
ボタンをポチっとすると、インストーラーのDLが始まる。
DLされたインストーラーをボチっとして、あとは指示に従うだけ。
ステップ４. Xcodeのインストール
私の場合、コードを走らせようとしたタイミングで、こいつが入ってないから動けねぇ、と言われ、インストールした。なので、この作業が不要な人もいるかもしれない。指示されたままにやっているので、なぜ必要なのかとか、どんな働きするのかは不明で、現時点でそこを理解する気持ちもないので悪しからず。ステップ２のやつと同じ？？？よくわからん。
上記サイトからApple Storeに飛び、DLできる。Apple Storeに直接いき、XCodeと検索してDLしてももちろん大丈夫。
ステップ５. PCの再起動
そのまんま。
ステップ６. Rstudioを立ち上げ、セッティングを行う。
ソフトを立ち上げる前にデスクトップに任意の名前のフォルダを作成する（PC内ならどこでもいいがクラウド上は変な動きをするから避けろとのこと）
Rstudioのアイコンをクリックして立ち上げる。Rは立ち上げない。
上部のツールバー、Tools→ Global Options→ウインドウが展開
①フォルダの指定
左メニューの一番上 General 、 上部メニュー Basic
→ 作業に必要なファイル類を格納したり読み出したりするフォルダを指定する場所が一番上にあるので、ブラウズボタンをポチッとして、自分が作ったフォルダの場所と名前を選択する。今回は、”~/Desktop/mJOHNSNOW”。
すきとほるさんこと、廣瀬さんの記事によると
「“Default working directory”は、特定のworking directoryを指定しない際に、自動で「ここのworking directoryを使ってくださいね」と指定しておくための機能です。同一のWorking directoryで複数のファイルを管理してしまうと、非常にわかりにくくなるため、指定する必要はありません。毎回、プロジェクトごとに異なるWorking directoryを都度設定するか、Projectを使用するようにしましょう（別の記事で解説します）。」
とのことなのですが、今回は、デモデータを使ったり、最初の一歩で書いたコードを保存したりするのに分かりやすい場所としてデスクトップに作ったフォルダを指定している。
②読み込む言語の指定
左メニューの上から2番目 Code、 上部メニュー Saving
→ UT F-8 を選択。
これで、データの中に日本語が入っていても読んでくれる。
③表示画面をお好みに
左メニューの上から４番目 Appearance.
白黒反転や、フォント、拡大縮小表示などが指定できる。ストレスがなく、目に優しい見た目に変更。
④パネル表示の位置の設定
左メニューの上から５番目 Pane layout
４分割される画面のうち、何をどこに配置するかを選べる。
左上にSource、右上にConsole
を配置。
左にコードが書かれ、右に実施された結果が出る、
ので、左右で比較しやすくチェックもしやすい。
⑤他の設定
基本的にデフォルトで良いそうだ。
７. Projectの作成
Rstudioって、設定やファイルやワーキングディレクトリなどの一連の塊をProjectって名前のセット（箱みたいなもの？）で管理するらしい。
設定が終わったら、そのProjectなるものをまず作成する。
ツールバーの、File→ New Project
ウインドウが開くので。New Directryを選んで、下部にスクロールして行って、R Package using Rcpo をクリック。そうするとウインドウが開くので、ファイルを格納するフォルダを選ぶ。
演習のためのものなので、先にデスクトップに作っておいたフォルダを指定し、Create Projectボタンをクリック。
コンソール（左上）に次のコードを書き走らせる。
getwd()
指定したフォルダが表示されればオッケー。
まだ指定していなければ、このタイミングで任意のフォルダを指定して紐づけることもできる。その場合のコードは
setwd(フォルダの場所（パス）をここに書く)
＊パスの場所は、次のやり方で確認ができる。
フォルダを選択して右クリックしたままoptionを押すと、パスがコピーできるメニューが現れるのでそれを利用。
８. パッケージの読み込み
解析に必要な諸々がセットになって存在している。
例えば、地図を描くためのパッケージ。
例えば、欠損値のチェックをするためのパッケージ。
例えば、テーブル上に結果を表示するためのパッケージ。
など。
コンソールにコードを書いて、必要なパッケージをDLする。
install.packages(“パッケージ名”)
一度DLしたものはPC内に保管されるので、消さない限りは再度DLする必要はない。
DLしたパッケージは、アクティベートしないと使えないので次のコードを実施。
library(パッケージ名)
アクティベートしても、ソフトを閉じるとその時点で非アクティベートな状態になるので、立ち上げ直すたびに、また、別のプロジェクトを走らせるたびに、パッケージのアクティベートをしなければいけない。逆にいうと、プロジェクトごとに必要な解析が異なるならば、必要なパッケージのみをアクティベートし、不要なパッケージはアクティベートしなくて良いので、軽くて済む？
自分が使うパッケージ名の一覧を保存しておき、ソフトを立ち上げた時にまずアクティベートの作業をするといい。
９. データの読み込み
コンソールに直接打ち込んでもよし、
ファイルを読み出してもよし。
ファイル（CSV形式)から読み出す場合は次のコードでいける。
df <- read_csv("パス名")
SPSSやStataなど、他の形式のものも読めるので、それに対応したコードで読み込む。
SPSS: read_spss(パス名)
１０. ここまで来れば解析ができる
何をするか？によって、必要な道具が変わるので、ひょっとすると作業によっては途中で新たな何かをDL、インストール/アクティベートしたり、再起動したりと色々あるかもしれないが、基本はこのような手順で、必要なパッケージをしっかりアクティベートできていれば動くはず。
