Als absolute minimum heeft GNU/Linux zelf één partitie nodig. U kunt één enkele partitie hebben met daarop zowel het volledige besturingssysteem als de toepassingen en uw persoonlijke bestanden. De meeste mensen vinden dat een aparte swap-partitie (wisselgeheugenpartitie) ook noodzakelijk is, al is dat strikt genomen niet het geval. “Swap” is kladruimte voor een besturingssysteem, wat het systeem toelaat om schijfopslagruimte te gebruiken als “virtueel geheugen”. Door wisselgeheugen op een aparte partitie te plaatsen, kan Linux er veel efficiënter gebruik van maken. Het is mogelijk om Linux te dwingen een gewoon bestand als wisselgeheugen te gebruiken, maar dit wordt niet aanbevolen.

De meeste mensen kiezen er evenwel voor om GNU/Linux meer dan het minimum aantal partities te geven. Er zijn twee redenen waarom u het bestandssysteem wellicht zult willen opsplitsen in een aantal kleinere partities. De eerste reden is veiligheid. Indien er iets gebeurt dat het bestandssysteem beschadigt, wordt meestal slechts één partitie getroffen. En dus moet u slechts een deel van uw systeem vervangen (met behulp van de reservekopieën die u zorgvuldig bijgehouden heeft). Als absolute minimum zou u moeten overwegen om wat men gewoonlijk een “root-partitie” noemt, aan te maken. Deze bevat de meest essentiële componenten van het systeem. Als een van de andere partities beschadigd raakt, kunt u toch nog altijd GNU/Linux opstarten om het systeem te repareren. Dit kan u de moeite besparen om het hele systeem helemaal opnieuw te moeten installeren.

De tweede reden heeft over het algemeen meer belang in een bedrijfscontext, hoewel het echt afhankelijk is van het gebruik dat u van de machine maakt. Bij een e-mailserver bijvoorbeeld, die overspoeld wordt met spamberichten, kan een partitie gemakkelijk vollopen. Indien u op de e-mailserver een aparte partitie aanmaakte voor /var/mail, zal het systeem grotendeels blijven functioneren, zelfs als u af te rekenen krijgt met een spamtoevloed.

Het enige nadeel van het gebruik van meerdere partities is, dat het dikwijls moeilijk vooraf in te schatten valt welke uw behoeften zullen zijn. Indien u een bepaalde partitie te klein maakt, zult u ofwel het systeem opnieuw moeten installeren of voortdurend zaken moeten verplaatsen om in de te kleine partitie vrije ruimte te creëren. Als u daarentegen de partitie te groot maakt, verspilt u ruimte die wellicht elders nuttig gebruikt kon worden. Tegenwoordig is schijfruimte wel goedkoop, maar toch kunt u zich blijven afvragen of u geen geld aan het verspillen bent.