I Bad Plus vennero formati a Minneapolis nel 2000, dal pianista Ethan Iverson, dal bassista Reid Anderson e dal batterista Dave King.
The Bad Plus (dicembre 2000) mixa cover di Abba e Nirvana con composizioni originali, in particolar modo Love Is the Answer di Anderson.

These Are the Vistas (ottobre 2002) ha fatto notizia per le cover di Nirvana, Blondie e Aphex Twin, ma il vero pezzo forte è Silence Is The Question di Anderson.

Hanno suonato cover dei Pixies e dei Black Sabbath su Give (ottobre 2003).

Anderson ha composto la maggior parte di Suspicious Activity? (maggio 2005), in particolar modo Prehensile Dream, Lost of Love e Forces.

Prog (settembre 2006) contiene cover di brani dei Tears for Fears, David Bowie e Rush, ma anche lunghe composizioni di Anderson: The World is the Same, Physical Cities e Giant.

Aggiunsero una cantante (Wendy Lewis) su For All I Care (aprile 2008), che contiene soltanto cover.

Essendo notevolmente migliorati come compositori, dedicarono Never Stop (marzo 2010) esclusivamente a composizioni originali, soprattutto Bill Hickman at Home di Iverson e diverse canzoni di Anderson (You Are, People Like You, Snowball, ecc.).

Made Possible (novembre 2011) incorpora tastiere elettroniche e contiene In Stitches di Anderson, un brano di 14 minuti.

Hanno persino registrato una versione del classico di Igor Stravinsky The Rite of Spring (giugno 2013).

Inevitable Western (gennaio 2014) contiene Adopted Highway di King e I Hear You e You Will Lose all Fear di Anderson.

The Bad Plus Joshua Redman (2015), una collaborazione con il sassofonista Joshua Redman, contiene una versione da tredici minuti di Silence Is the Question di Anderson, oltre a nuove composizioni come Friend or Foe di Redman e As This Moment Slips Away e Lack the Faith But Not the Wine di Anderson.

It's Hard (aprile 2016) raccoglie cover.

Iverson è stato sostituito dal pianista Orrin Evans per Never Stop II (settembre 2017), con 1983 Regional All-Star di King e Hurricane Birds di Anderson, e Activate Infinity (maggio 2019), con una nuova versione di Love Is the Answer di Anderson.

Nel frattempo, Reid Anderson e Dave King hanno collaborato con il pianista Craig Taborn per registrare Golden Valley Is Now (agosto 2018), accreditato ai Golden Valley Is Now.

Una nuova formazione ha debuttato nel loro quindicesimo album, The Bad Plus (settembre 2021). Non c'era più un tastierista, e al suo posto furono aggiunti due veterani alla sezione ritmica del bassista Reid Anderson e del batterista Dave King: il veterano chitarrista Ben Monder e il suonatore di ance Chris Speed, ma il risultato è un lavoro pop scadente.

Complex Emotions (giugno 2023) è stato il primo album senza un pianista ma con il bassista Reid Anderson anche al sintetizzatore.