I Pele del Wisconsin (il chitarrista Chris Rosenau, il bassista Scott Schoenbeck, il batterista Jon Mueller e il tastierista Scott Beschta) avevano registrato Teaching the History of Teaching Geography (1998), Elephant (1999), senza Beschta, The Nudes (2000) e Enemie (2002) prima di sciogliersi.

Chris Rosenau e Jon Mueller diedero quindi vita ai Collections of Colonies of Bees che inizialmente, sull'album live registrato in un magazzino MeYou (1998), era semplicemente un esperimento da camera da letto di lap steel e voce.
Rance (2000) contiene 15 pezzi senza titolo.
fa.ce (a (Crouton, 2002) contiene Mu:Rder di undici minuti.
Il brano di 22 minuti su Meyou (2003) è emblematico delle loro improvvisazioni cacofoniche e del canto dadaista.
Customer (2004) aveva incorporato il musicista digitale Jon Minor e il tastierista elettronico Jim Schoenecker, e le composizioni erano diventate collage digitali (sfortunatamente senza identità).

Il mini-album Birds (Table of the Elements, 2008) contiene la suite in quattro movimenti Flocks, il loro lavoro più completo.
Il singolo di 13 minuti Six Guitars (2008) è una composizione d'avanguardia basata sull'intervallo musicale noto come "quinta perfetta", ed eseguita da sei chitarristi, di cui due utilizzano anche un dispositivo di looping e un E-Bow, e due suonano il ritmo con martelletti a percussione.
L'EP da 4 canzoni, Giving (2011), senza Mueller, contiene i nove minuti di Vorms.

I Collections of Colonies of Bees si sono uniti a Justin Vernon di Bon Iver nei Volcano Choir, che hanno pubblicato Unmap (Jagjaguwar, 2009) e Repave (2013).

Nel corso della vita dei Collections of Colonies of Bees, Jon Mueller ha perseguito diversi progetti paralleli: Pianobread (1999), Field Of Sound (2000), Castle Broadway (2000) e Raccoons (con Hal Rammel e Chris Rosenau), che hanno pubblicato Raccoons (2000) e il doppio disco Mother (2002). Ha iniziato a collaborare con improvvisatori jazz e compositori d'avanguardia, per esempio Cutting Off The Edge Of Time (2001) con il sassofonista Steve Nelson-Raney.
Ha collaborato con Asmus Tietchens su 7 Stuecke (2003) e Acht Stuecke (2007), con Jason Kahn sul pezzo di 18 minuti dell'EP Papercuts (2004), Supershells (2006), Topography (2008) e Fase (2010), con Z'ev su HYDratioN (2010) e con James Plotkin sul doppio LP Terminal Velocity (2012).
Allo stesso tempo Mueller ha registrato le sue improvvisazioni soliste, per esempio: What's Lost Is Something Important - What's Found Is Something Not Revealed (2005) con le istruzioni di "suonare al massimo volume in una grande stanza vuota" (piuttosto deludente, tuttavia); l'EP da 17 minuti su lato singolo Strung (2008), un paesaggio sonoro industriale astratto molto più intrigante; The Whole (2010), con i 14 minuti di Hearts, una sorta di implacabile (ma anche ripetitivo) pow-wow; Alphabet of Movements (2011), che contiene un pezzo di 20 minuti per tamburo rullante e lo stesso pezzo di 20 minuti per piccoli gong (il crescendo cacofonico e la detonazione nel primo sono davvero mozzafiato); e Metals (2015), contenente tre composizioni frenetiche per oggetti metallici.

Il progetto multidisciplinare Death Blues di Jon Mueller è documentato su Death Blues (2012), le cui sei canzoni suonano come un remix al rallentatore dei primi Sonic Youth, Here (2012), Non-Fiction (2014) e Ensemble (2014).

Mueller ha alzato la posta della sua musica per percussioni su A Magnetic Center (2015), il cui primo lato mette in moto un lento deterioramento dei tamburi e dei canti buddisti, e su Tongues (2016).
Quest'ultimo contiene How You Look When You're Not Looking (15:12), in cui voci cantanti e tamburi creano un'intricata giungla di ritmo e polifonia, e What I Thought You Said (19:38), una frenetica orgia tribale che evoca futuri primitivi.

Mueller ha poi pubblicato The House on the Borderland (2018), la colonna sonora di un libro, Clarity Cycles (2019), una raccolta di composizioni per strumenti di vetro, Codex Intueri (2019), una raccolta (non particolarmente entusiasmante) di quattro ritmi arrangiati e mixati da James Plotkin, House Blessing (2019), un'improvvisazione in quattro parti registrata in una cappella e focalizzata sulla produzione di droni inquietanti, Family Secret (2021), il cui Black Glass suona come l'eco infinitamente ronzante del coro di un monaco nello spazio interstellare, i 37 minuti dissonanti del pezzo da camera Two Corridors (2021), eseguito dal violoncellista Jeff Klatt e dal sintetizzatore di Jim Schoenecker, Afterlife Cartoons in the Buckland Museum (2022), un esempio della sua performance solista di percussioni acustiche chiamata "afterlife cartoons", ecc.