Mia Doi Todd ha debuttato con gli album acustici solisti The Ewe And The Eye (Xmas, 1997), che includeva la versione originale di Autumn, e Come Out Of Your Mine (Communion, 1999), due raccolte che imitavano lo stile dei cantautori lo-fi dell'epoca, sebbene quest'ultima contenesse già The River & the Ocean, che alludeva alle sue preoccupazioni filosofiche e a dinamiche progressiste.
Independence Day e Hijikata sono apparsi per la prima volta su quest'ultimo album.

Trasferitasi nella sua nativa Los Angeles, realizzò un altro album prevalentemente acustico, Zeroone (City Zen, 2001), un lavoro molto più ambizioso che includeva meditazioni lunghe e criptiche come Digital e Can I, oltre ai più brevi ma non meno intensi Merry Me, Like a Knife e Poppy Fields, che evocava allo stesso tempo Nico, Joni Mitchell, Jane Siberry e Shannon Wright.

Ha ri-registrato alcune delle sue vecchie canzoni per la sua breve avventura con il mondo delle celebrità, l'iper-arrangiato The Golden State (Sony, 2002).

Manzanita (Plug Research, 2005) l'ha riportata a un'ambientazione spartana più congeniale (il lungo e articolato The Last Night of Winter, Muscle Bone and Blood ), nonostante qualche tentativo di sembrare alla moda.

Todd ha abbracciato molto di più, inclusi l'elettronica e il jazz, per Gea (City Zen, 2008). Il vivace e schietto Can I Borrow You, il lamento in stile slavo In The End, il jazz noir Kokoro rappresentano una variante significativa degli archetipi meditativi e confessionali di Joni Mitchell. La maestosa malinconia orecchiabile di Sleepless Nights risalta, ed è contrastata dalla desolata nostalgia neoclassica di Night Of A Thousand Kisses, uno rappresenta lo zenit emotivo e l'altro il nadir emotivo dell'album.
La suite di undici minuti River of Life/The Yes Song sembra essere un semplice country shuffle à la John Denver ma presto l'arrangiamento ripetitivo rivela un elemento più profondo e in qualche modo sinistro, e la coda quasi psichedelica non fa altro che aumentare quella sensazione. La calma strumentale Wolf Reprise sembra portare pace alla sua anima torturata, e Old World New World tesse una struttura ipnotica attorno a un semplice tema di chitarra alla John Fahey e a un drone stile raga.

Cosmic Ocean Ship (2011) ha segnato una svolta sconsiderata verso la musica latinoamericana.