「分かりそう」で「分からない」でも「分かった」気になれるIT用語辞典

順番に見ていきましょう。
まずは予備知識として「メール」について簡単に説明します。
「そんなの説明されなくても知ってるよ！」な人は適当に読み飛ばしてください。

メールは「パソコンさんの世界の お手紙機能」です。
話を単純化するために「パソコンさん」と書きましたが、携帯電話やスマホ、その他諸々の媒体でも使えます。



以上を踏まえて

「これは元のやつに対する返信ですよ～」を意図した表現

が「Re:」です。
メールの件名などに付与して

Re: 明日の昼ご飯の件について

のような使い方をします。
意味は「このメールは『明日の昼ご飯の件について』という件名のメールに対する返信ですよ」です。

「Re:」の語源は諸説様々です。
例えば「RFC 2822」と呼ばれる偉そうな文書の中では、ラテン語の「res」が語源とされています。

RFC2822の3.6.5.に書いてある

When used in a reply, the field body MAY start with the string "Re: " (from the Latin "res", in the matter of) followed by the contents of the "Subject:" field body of the original message.

の中の

(from the Latin "res", in the matter of)

の部分です。
頑張って英語版読んだのですよ。偉いでしょ。

その後で出てきた「RFC 5322」と呼ばれる偉そうな文書の中では、ラテン語の「in re」の省略であるとされています。

こちらはRFC5322の3.6.5.に書いてある

When used in a reply, the field body MAY start with the string "Re: " (an abbreviation of the Latin "in re", meaning "in the matter of") followed by the contents of the "Subject:" field body of the original message.

の中の

(an abbreviation of the Latin "in re", meaning "in the matter of")

の部分です。
やっぱり頑張って英語版を読んだのですよ。偉いでしょ。

ちなみに「response」や「reply」などの省略形であるとする根拠（となる資料）は、ないようです……が「気持ちは分かる」という人が多いのではないでしょうか。
私も「どーせ『response』か『reply』の省略表現でしょ？」と思って調べたので、違うと知って驚きました。
メールヘッダに「Reply-to」とか作ってるんだから「reply」の省略系ってことでいーじゃん！ぶつぶつ。