それぞれの用語の意味
| 用語 | 意味 |
|---|
| コールセンター | お客さまからのお問い合わせを受け付ける窓口 |
| ヘルプデスク | 使う人からのお問い合わせを受けて、問題を一緒に解決する窓口 |
似ているところ
どちらも「お客さまからのお問い合わせを受け付ける窓口」です。

違うところ
実際には、プログラマとシステムエンジニアくらい区分けが適当ですけどね。
強いて違いを言葉にすれば
コールセンター:「受付・案内」業務がメインの仕事
ヘルプデスク:「問題解決」業務がメインの仕事
のような違いです。
とはいえ、人によって細かい部分の解釈が違います。
「これだ!」という共通見解はないと思います。