「分かりそう」で「分からない」でも「分かった」気になれるIT用語辞典

順番に見ていきましょう。
まずは予備知識として「セットアップ」と「実行ファイル」について簡単に説明します。
「そんなの説明されなくても知ってるよ！」な人は適当に読み飛ばしてください。

セットアップは「パソコンやソフトを使えるように準備すること」です。
今回は「インストール」と同じニュアンスで捉えて かまいません。
パソコンやソフトを使うには、それなりの準備が必要です。
その準備作業を指して「セットアップ」や「インストール」と言います。



実行ファイルは「プログラムなファイル」です。
べちべちっ！とダブルクリックすると、お仕事を始めます。
（Windowsの場合）拡張子は「.exe」であることが多いです。



以上を踏まえて

何かをセットアップしてくれるプログラムの実行ファイル

が「setup.exe」です。
こいつを力いっぱいダブルクリックすると、セットアップ作業が始まります。

「setup.exe」という名前は慣習的に付けられている名前です。
別に決まっているわけではなく

セットアップする実行ファイルだから「setup.exe」って付けておけばパッと見で分かりやすいよね～

程度のノリでしょう。
そのため、具体的にどのような動きをするかは、そいつ次第です。

単純に必要なファイルをどこかに配置するだけかもしれません。
何らかの入力を促して、初期設定もやるかもしれません。
Windowsパソコンの場合は、レジストリ（パソコンさんがこっそり使うカンペ）に何らかの情報を埋め込む場合もあるでしょう。

あくまで「慣習的に付ける名前」だというのを覚えておいてください。
分かるのは「セットアップするやつなのね」程度です。
実際に何をするやつか（どのソフトのsetup.exeか）は「setup.exe」の置いてある場所から推測する必要があります。