「分かりそう」で「分からない」でも「分かった」気になれるIT用語辞典

予備知識

用語	意味
データベース	データがそれっぽい感じに入っている箱
Windows	マイクロソフトさんが作っているOSの名前（のシリーズ名部分）
SQLServer	Windowsのシステムで使われることが多いデータベース
認証	「おまえ誰？OKなやつ？」を確認する作業
ログイン	特定の人しか入れない場所や使えないサービスを「自分はOKな人ですよー」な認証を受けて使える状態にすること
ログオン	「ログイン」と同じ意味。マイクロソフトさん関連では「ログオン」って表現が使われているんじゃないかな

それぞれの用語の意味

用語	意味
SQL Server認証	SQL Serverを使うときの認証のやり方のひとつで、普通にIDとパスワードを使って認証する認証のやり方
Windows認証	Windowsのコンピュータにログインするときに使った認証情報を使いまわして認証する認証のやり方

似ているところ

どちらもSQL Serverにおける認証のやり方を指す用語です。

違うところ

認証のやり方が違います。

SQL Server認証は、一般的な認証のやり方と同じです。
IDとパスワードを入力して、登録されているものと一致すれば使えるようになります。

それに対してWindows認証は、Windowsと連携した認証のやり方です。
パソコンを使うときに（Windowsにログオンするときに）入力した認証情報を使いまわして、使って良い人かチェックします。

個人的な使い分け

ケース・バイ・ケースですが、個人的にはSQL Server認証の方が好みです。
特にプログラムから接続するときには、素直にIDとパスワードを入力する形にしておいた方が汎用性があると思うのですよね。